Aujourd'hui, il est formellement admis que l'intestin joue un rôle primordial, voire central, dans les défenses de l'organisme contre les agressions extérieures. Le Dr Roberfroid a ainsi rappelé les étroites connexions entre l'intestin et d'autres organes comme le cerveau et le système immunitaire. Plusieurs mécanismes potentiels indiquent que les bactéries lactiques issues de la fermentation prébiotique peuvent intervenir à ce niveau, notamment via l'abaissement du pH dans la lumière intestinale de manière à inhiber la croissance de microbes pathogènes. Plusieurs lactobacilles et bifidobactéries excrètent également des antibiotiques naturels qui ont un large spectre d'activité. Une des extrapolations du concept prébiotique est d'empêcher la fixation de pathogènes tels que Escherichia coli, les salmonelles ou les campylobacters sur leur récepteur intestinal.


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