Diverses études toxicologiques expliquent les mécanismes par lesquels l’organisme absorbe certaines substances chimiques environnantes, sous forme isolée ou composée. Ces études révèlent que l'effet pathogène chez l'homme peut mener à une mort cellulaire, mais encore plus souvent à un dérèglement de certains organes et à une stimulation excessive et pathogène des intestins. Il a également été confirmé qu'une exposition chronique à de faibles doses de substances chimiques peut jouer un rôle dans le développement d'un certain nombre de maladies (cancer, maladies neurodégénératives, allergies, maladies auto-immunes, asthme, certaines affections rénales, certaines affections vasculaires, endométriose et troubles des fonctions reproductrices - parmi lesquels en premier lieu une diminution de la fertilité masculine).
La flore intestinale convertit différentes substances chimiques et crée des produits intermédiaires qui sont parfois plus réactifs ou plus toxiques que la substance absorbée. Un exemple : le nitrate présent dans l’eau ou les légumes est converti en nitrite qui, lorsqu’il est combiné avec des amines issues du métabolisme de la viande, peut former des nitrosamines, c’est-à-dire des substances à haut pouvoir carcinogène.