Les aphtes récurrents ont parfois une cause simple comme une carence en vitamine B12, en acide folique, en fer ou en zinc. Une carence en zinc se produit souvent en cas d'autres affections buccales, comme la sensation de la bouche en feu ou des infections virales (grippe, rhume). Les vitamines C, B1, B2 et B6 peuvent également se révéler utiles.

Beaucoup de gens qui souffrent d'aphtes trouvent la cause de leur problème dans leur alimentation, par exemple le gluten. Ce n'est pas toujours facile de mettre le doigt sur l’origine du problème, mais cela peut en valoir la peine.
En Jordanie, le tahini (une crème de sésame) est un remède très populaire contre les aphtes, comme le sont également les bains de bouche avec de l'eau salée ou avec de l'eau légèrement citronnée.
Pour les aphtes récalcitrants, la nicotine peut être utilisée en dernier recours. Mais étant donné qu’elle entraîne rapidement une dépendance, il faut en user avec prudence. Le chewing-gum à la nicotine, que d’aucuns utilisent pour arrêter de fumer, peut dans ce cas se révéler un bon choix.