L’appareil digestif est une composante importante de l'organisme. L’une de ses missions consiste à maintenir le système immunitaire en condition optimale.
Quand on parle de système gastro-intestinal, on fait référence à tous les organes qui assurent ensemble la digestion des aliments. Diverses affections du système gastro-intestinal (flatulences, crampes abdominales, diarrhée, etc.) sont le plus souvent causées par de mauvaises habitudes alimentaires : consommation excessive d'alcool, plats très épicés, repas trop riches en graisses, consommation excessive de boissons contenant de l'acide carbonique, etc.

Les médicaments peuvent eux aussi être à la source de désagréments au niveau du système gastro-intestinal. L’exemple le plus extrême est l’utilisation d’antibiotiques. Certains antibiotiques à large spectre modifient de manière radicale la flore intestinale microbienne. Les micro-organismes pathogènes (bactéries, levures, champignons) ont l’occasion de se développer sans entrave. La prolifération de certains de ces agents pathogènes perturbe l’équilibre de la flore intestinale. La conséquence est souvent une diarrhée.